填入生物 × 1–10 nm。

完整题目

第二批：溶菌酶与 tRNA，填满这一格

新增 5 道完整候选：3 道感知、2 道推断，使生物 × 1–10 nm 达到 10/10。这批引入本项目第一个 RNA 结构（酵母苯丙氨酸 tRNA），是蛋白质、DNA 之外的第三类真实生物大分子。

来源：6LYZ · 鸡蛋清溶菌酶（Diamond 1974 real-space refinement 经典结构，链 A 全部 129 个 Cα 位点。原始 PDB ↓）与 1EHZ · 酵母苯丙氨酸 tRNA（1.93 Å 分辨率，链 A 全部 76 个 C1′ 位点，其中 14 个修饰核苷酸以 HETATM 记录、已合并入无缺口骨架。原始 PDB ↓）。溶菌酶催化残基 Glu35／Asp52 的身份由该条目自带的 HELIX 与立体化学核查记录独立确认，催化机制的学科意义引自条目自带文献列表，本批不重新论证机理。tRNA 骨架路径长度（约 45.4 nm）是端到端直线距离（约 1.9 nm）的近 24 倍，是该分子经典 L 形三级结构的直接几何证据；氨基酸受体端到反密码子环的空间距离（约 7.23 nm）用于测试假设 R0=3.5 nm 的 FRET 探针对是否适合测量这一尺度——效率降到约 0.0127，表明该探针对量程与被测距离不匹配，是有意设计的实验设计推断题，不是简单代公式。数值复核改用第二种独立方法：全扫描交叉验证、pairwise-distance 恒等式复核 Rg、atan2 交叉验证夹角、Decimal 精度复核 FRET 效率，五道全部通过。来源与获取记录 · 完整坐标与计算结果 · 批次摘要 ↓ · 可复算的补充计算程序 ↗

数据从哪里来

来源路线为“原始结构重新构题”。原论文和方法文献用于归属及方法依据；这些不是原论文提供的现成 QA，也不是新采集的散射或 FRET 实验数据。

• 1UBQ · 泛素：选取链 A 全部 76 个 Cα 位点。原始 PDB ↓
• 1CRN · crambin：选取链 A 全部 46 个 Cα 位点。原始 PDB ↓
• 1BNA · DNA 十二碱基对双链：选取两链全部 24 个 C1′ 糖环位点。原始 PDB ↓

原始 PDB 数据依 RCSB/wwPDB 政策按 CC0 1.0 使用。坐标单位来自 ATOM 格式规范，保留原始精度和行序。题目提供的是明确选定的位点模型；它们不是缺失附件的全原子模型。

获取记录与校验值 · 完整原子与残基对应表

推断题的边界写在题干中

BNI001：每个 Cα 被视为相同散射点，使用给定 Guinier 近似和严格 qRg < 1.1 规则。公式与适用范围依据 Putnam (2016)；未建模溶剂、原子散射因子或构象分布，因此不是对真实蛋白 SAXS 曲线的预测。

BNI002：虚拟探针中心和有效 R0=3.5 nm 是明确的题设假设。距离依赖关系依据 NIH MIPAV 的 FRET 文档；PDB 没有实际染料，题目不声称实验标记可行性或真实测量效率。

BNP003：配对糖环位点的中点路径是可复现的题设定义，不等于标准 DNA 螺旋轴；路径曲折程度不能被改称为论文中的螺旋轴弯曲角。

数值检查与关联样本

蛋白回转半径用质心公式与全原子对恒等式交叉复核；距离、DNA 路径及 FRET 使用 Decimal 算术复核，Guinier 指数另用 Decimal 重算。原始 PDB 的定宽解析与分词解析核对了所选位点。

这里的“全原子对”只指题目所选位点的所有两两组合。数值复核不证明学科难度，也不能替代文字解释的人工评分。

完整计算结果 · 可复算的补充计算程序 ↗

程序针对本批指标，没有冒称为已接入 Builder 的通用语义评分器。下载以上三份 PDB 至同一目录后，可按程序说明重算。

• BNP001、BNP002、BNI001 共享蛋白来源，属于同一个关联组。
• BNP003、BNI002 共享 1BNA，属于同一个关联组。

相关题不能跨训练／测试划分，也不能按 5 个独立科学体系统计。它们是本周原型覆盖的基线候选；几何必要性、难度和评分有效性仍须独立审核与模型试测。

第三批：从空格到 10/10——不新检索，只挖亚纳米局部几何

生物 × 0.1–1 nm 此前是空格（0/10）。这一批新增 10 道完整候选（6 道感知、4 道推断），但没有下载任何新结构：三个子运行（v04-003/004/005）都复用本项目已验证、已提交的 6LYZ.pdb、1CRN.pdb、1BNA.pdb（逐字节核对与此前版本一致），只是测量这些真实结构里此前从未问过的亚纳米局部特征——二硫键 S–S 键长、α 螺旋隔四残基 Cα 间距、Watson-Crick 碱基对氢键。凡涉及原子集合合并会使推理范围超过 1 nm 的组合（例如同时问全部 4 或 3 个二硫键），题目里都明确排除并说明原因，改为拆成分开的题或改选跨度更小的原子子集。

代表性结果：溶菌酶四个真实二硫键中的 Cys6-Cys127（0.203 nm）与 Cys30-Cys115（0.204 nm）都独立核对到与条目自带 SSBOND 记录一致；Crambin 以 46 个残基装下 3 个二硫键，是该参考结构的知名特征。溶菌酶与 Crambin 的 α 螺旋隔四残基 Cα 间距分别约 0.625 nm 与 0.606 nm，两个互不相关蛋白质的数值相差不到 3%，BNI008 直接引用已通过的 BNP009 数值作比较（不重算），推断这支持了"规则 α 螺旋隔四残基间距是跨蛋白共有的几何规律"这一结论，同时说明差异若达几个 Å 会指向其中一段不是规则螺旋。BNP012 测得 G-C 碱基对三条 Watson-Crick 氢键均落在约 2.7–2.9 Å 的经典范围，与 A-T 对仅两条氢键对比，呼应了"GC 含量越高、DNA 越耐热"这一教科书结论。数值复核改用 Decimal 精度独立重算，并与文件自带的 SSBOND／SEQRES 记录交叉核对，全部 10 道通过。可复算的补充计算程序 ↗（与上方共用同一份工具；6LYZ/1CRN/1BNA 原始 PDB 见上文"数据从哪里来"小节）。