新增十道候选，化学 × 1–10 nm 从 0/10 补满 10/10——四个领域最后一个补满的起步尺度格。

数据来源

万古霉素不对称二聚体，PDB 1AA5，分辨率高达 0.89 Å。原始文献：Loll, Bevivino, Korty and Axelsen, "Simultaneous Recognition of a Carboxylate-Containing Ligand and an Intramolecular Surrogate Ligand in the Crystal Structure of an Asymmetric Vancomycin Dimer", J. Am. Chem. Soc. 119, 1516 (1997), DOI 10.1021/ja963566p。万古霉素是治疗革兰氏阳性菌感染的糖肽类抗生素，其二聚化是抗菌机制的关键环节；结构含 7 个非标准氨基酸残基（MLU、OMZ、ASN、GHP×2、OMY、3FG）与葡萄糖/万古糖苷（BGC、RER）修饰，是立体化学丰富的真实小分子体系。RCSB PDB 公开数据，与本项目此前生物域使用的 PDB 结构同一取得方式。

该结构含标准的双构象无序（altLoc A/B，占位互补，如 0.74/0.26），本批工作坐标只取占位较高的主构象，已在证据记录中明确披露；结晶水、氯离子、乙酸等非万古霉素原子已排除。曾考虑过一个更经典的超分子对象——间苯二酚杯芳烃六聚体胶囊（COD 7230210），但其 CIF 高达 566KB、755 个不对称单元原子位点且含非整数化学式的溶剂/客体无序，判断在本批范围内难以可靠清理，改用无序更简单、可靠性更高的 1AA5。

本轮产出

10 道全部通过同会话初筛：感知 5、推断 5，化学 × 1–10 nm 从 0/10 达到 10/10。全部题目走 evidence_review 路由。

CNP007 · 初筛通过，待人工审核

单体A（chain A，132 个原子）内任意两原子间的最大距离。

参考答案：Dmax = 19.5698 Å，由 row 11 与 row 132 取得。

生成记录 ↗ · 完整题干与坐标 ↓

CNP008 · 初筛通过，待人工审核

同一不对称二聚体的第二条链（chain B）全局最大原子间距。

参考答案：Dmax = 19.2646 Å，由 row 11 与 row 132 取得。

生成记录 ↗ · 完整题干与坐标 ↓

CNP009 · 初筛通过，待人工审核

完整二聚体（chain A+B，264 个原子）全局最大原子间距。

参考答案：Dmax = 28.7192 Å，由 row 11 与 row 143 取得（两条链各自的 N-端 N-甲基氢原子彼此最远）。

生成记录 ↗ · 完整题干与坐标 ↓

CNP010 · 初筛通过，待人工审核

chain A 与 chain B 之间的最近原子接触距离。

参考答案：Dmin = 2.0332 Å，由 chain A row 78（O 原子，GHP5 残基）与 chain B row 86（H 原子，GHP5 残基）取得——短 O···H 距离，与氢键相符。

生成记录 ↗ · 完整题干与坐标 ↓

CNP011 · 初筛通过，待人工审核

完整二聚体的等权回转半径。

参考答案：Rg = 8.2617 Å，复用生物域 BNP002 与 OE62 域 QNP010/011 已验证的公式。

生成记录 ↗ · 完整题干与坐标 ↓

CNI002 · 初筛通过，待人工审核

chain A 的序列首尾（残基1与残基7 CA-CA）距离，与已算出的全局最大间距比较，判断末端距离能否代表全分子尺度。

参考答案：末端距离 13.8393 Å，明显小于 Dmax=19.5698 Å；末端对不保证是最远原子对，复用生物域 BNP001 已验证的方法族。

生成记录 ↗ · 完整题干 ↓

CNI003 · 初筛通过，待人工审核

同一方法应用于 chain B。

参考答案：末端距离 13.8115 Å，同样小于该链自身 Dmax=19.2646 Å。

生成记录 ↗ · 完整题干 ↓

CNI004 · 初筛通过，待人工审核

分别计算 chain A 与 chain B 的回转半径并比较，联系原始文献标题"不对称二聚体"的表述，判断单一标量比较能证明什么。

参考答案：Rg(A)=6.4797 Å，Rg(B)=6.5288 Å，差值不到 0.05 Å——两者非常接近，仅凭 Rg 既不能证实也不能证伪文献的"不对称"表述，因为 Rg 是单一整体尺寸/紧凑度标量，对局部构象差异不敏感。

生成记录 ↗ · 完整题干 ↓

CNI005 · 初筛通过，待人工审核

由已算出的三个 Dmax 值，比较二聚体自身尺度与两单体尺度之和，推理两分子的相对排列方式。

参考答案：两单体尺度之和 38.8344 Å，明显大于二聚体自身 28.7192 Å；若两分子首尾共线排列，二聚体尺度应接近二者之和，实际明显更小，与并排/背靠背缔合（而非首尾伸展）的几何图像相符。

生成记录 ↗ · 完整题干 ↓

CNI006 · 初筛通过，待人工审核

已算出的最近链间接触（O···H，2.0332 Å）本身能否确认这是氢键，能否确认这就是 1997 年原始文献记载的二聚界面。

参考答案：两者都不能：确认功能性氢键还需要给体-氢-受体夹角信息（本批未计算），仅凭距离和元素类型不够；确认"就是"文献记载的二聚界面还需要与原论文报告的完整相互作用模式比较，而不是本批独立重新推导出的单一最近距离。

生成记录 ↗ · 完整题干 ↓

方法与审核要点

感知题分三族：全局尺度（CNP007/008/009）穷举扫描单体或二聚体全部原子对，复用生物/量子/材料域已审核通过的方法族，首次应用于真实的复杂天然产物抗生素小分子；最近接触（CNP010）是本批新增但简单的族——与"全局最大间距"互补的"最近距离"视角，穷举扫描两条链间全部原子对；回转半径（CNP011）复用生物域 BNP002 与 OE62 域 QNP010/011 完全相同的公式。推断题围绕真实的立体化学/超分子推理：末端 vs 全局尺度（CNI002/003）复用生物域 BNP001 方法族；链间 Rg 比较（CNI004）直接联系原始论文标题的"不对称"表述，并要求解释单一标量比较的证据强度边界；二聚体尺度算术推理（CNI005）由已算出数值推理分子排列方式；接触证据边界（CNI006）是本批最典型的认识论边界任务，与本会话此前的 QNI008（量子）、MNI010（材料）一致地要求区分"直接观测的几何事实"与其常被用来支持的更强化学论断。

CNP010 的推理尺度按需要穷举扫描的两条完整链（而非结果本身的小数值 0.2nm）计，与生物域 BNP001 穷举扫描任务已用的尺度约定一致。结构的双构象无序已在证据记录中明确披露并只取主占位分量，不是隐藏处理。

独立复核（runs/chem-nm-v04-001/independent_checks.py）从零重写 PDB 解析器（不导入本批主计算脚本 compute_chem_nm.py），用 Decimal 精度重新读取原始 1AA5.pdb；10/10 全部通过。

来源与材料范围

PDB 1AA5: Loll, Bevivino, Korty and Axelsen, J. Am. Chem. Soc. 119, 1516 (1997), DOI 10.1021/ja963566p；RCSB PDB 公开数据，与本项目生物域已用 PDB 结构相同的取得方式。坐标为官方晶体学测定结果（0.89 Å 分辨率）原样提取；全局尺度扫描、最近接触、回转半径、末端距离比较、尺度算术推理均为本批新计算，不是论文直接给出的数字。

RCSB PDB 1AA5 官方条目 ↗

本地保存原始 PDB 文件（约 98KB）与 SHA256 校验值；网站只发布过滤后（仅主占位/主构象）的坐标文本片段。

没有完成的部分

设计任务缺少约束与评分器，未生成，与其余批次一致。10 道题目前都只经过同会话自动筛查与程序化数值/独立算法复核，尚无独立人工审核或模型难度试测。CNI004/CNI006 的化学解释论证仍需人工语义审核。检索、提证据、规划、构题及审核仍由助手在会话中按固定协议执行，程序负责记录、字段校验、数值计算和导出，不是无人值守的全自动系统。本批 reported_model=claude-sonnet-5，未伪造 API 调用或模型使用量。